Thomas A. Anderson ist Programmierer bei einer weltweit erfolgreichen Softwarefirma, und geht unauffällig dem Alltag nach. In seinem Privatleben jedoch ist er ein professioneller Hacker, der unter dem Pseudonym Neo verschiedene Aufträge gegen Bezahlung ausführt. Doch seit Jahren beschäftigt ihn das Gefühl, dass mit seinem Leben irgendetwas nicht stimmt. Unzählige Abende und Nächte begibt er sich im Internet auf die Suche nach dem Anführer einer geheimnisvollen Untergrundbewegung mit dem Decknamen Morpheus. Von ihm erhofft er sich die Erlösung von der ihn quälenden Ungewissheit. Ohne sein Wissen wird er dabei vom Geheimdienst beobachtet, dessen Agenten ihm bereits auf der Spur sind. Als Neo Morpheus endlich treffen kann, erfährt er, dass er die zentrale Frage bereits kennt („Was ist die Matrix?“). Morpheus, den Neo durch die Hackerin Trinity kontaktieren konnte, eröffnet ihm auch den eigentlichen Grund seiner Suche. „Ich will dir sagen, wieso du hier bist, Neo. Du bist hier, weil du etwas weisst. Etwas, das du nicht erklären kannst. Aber du fühlst es. Du fühlst es schon dein ganzes Leben lang, dass mit der Welt etwas nicht stimmt. Du weisst nicht was, aber es ist da. Wie ein Splitter in deinem Kopf, der dich verrückt macht. Dieses Gefühl hat dich zu mir geführt.“
Nun steht Neo vor der entscheidenden Wahl: Ist er bereit zu erfahren, was genau die Matrix ist, oder zieht er es vor, sein Leben als Thomas A. Anderson fortzusetzen? Er entscheidet sich für Ersteres und wird aus der Matrix befreit. Dazu muss er sich aber einem waghalsigen Rückführungsprozess unterziehen. Als er in der realen Welt erwacht, stellt er fest, dass er sich in einem mit Flüssigkeit gefüllten Behälter befindet, sein ganzer Körper ist verkabelt und mit einem Riesenturm verbunden, dieser wiederum mit unzähligen identischen Behältern. Es nähert sich ihm ein fliegender Roboter, der die Kabeln kappt und ihn in einen Tunnel hinunterspült, wo er von Morpheus gerettet und im Hovercraft “Nebuchadnezzar” aufgenommen wird. Der bis jetzt vor sich hin vegetierende, untrainierte Körper wird durch ein spezielles Verfahren wieder rekonditioniert.
Neo erkennt, dass bis auf wenige Überlebende und Befreite alle anderen Menschen an ein hochkomplexes Computerprogramm angeschlossen sind, das als Matrix bezeichnet wird und deren Geist kontrolliert. Während sie in der virtuellen Welt gefangen sind und dort nichts ahnend ihr Leben verbringen, werden sie – oder besser gesagt ihr Körper - von den Maschinen in der realen Welt als Energiequelle missbraucht. Die Agenten, die Neo verfolgten, entpuppen sich als Schutzprogramme der Matrix, die eine Flucht aus der Matrix verhindern sollen.
Laut Morpheus geriet Anfang des 21. Jahrhunderts die Entwicklung der Künstlichen Intelligenz ausser Kontrolle. Da die Maschinen mit Solarenergie betrieben wurden, verdunkelten die Menschen den Himmel in der Hoffnung, die intelligenten Maschinen würden ohne Sonnenlicht nicht weiter existieren können. Doch die Maschinen passten sich der veränderten Situation an und machten sich die Menschheit untertan. Seitdem werden die Menschen von den Maschinen gezüchtet, um diesen als Energiequelle zu dienen. Was folgt, ist ein gewaltiger Kampf zwischen Mensch und Maschine.
Es muss wohl angenommen werden, dass kein Mensch in der Matrix an die Ungeheuerlichkeit seiner Situation glauben würde, würde man ihm diese mündlich mitteilen. Der Preis, den die Befreiten für die Wahrheit zahlen, ist sehr hoch. Denn in der „realen“ Welt fristen sie ein Untergrunddasein, leben in Angst und Schrecken, werden permanent von den Maschinen verfolgt. Ist der Preis für die wieder gefundene Freiheit nicht zu gross?
Dieser Film weist darauf hin, dass Erkenntnisgewinnung kein Honigschlecken ist. Dies ist aber nicht der zentrale Punkt dieser Analogie. Wichtig ist auch hier der Perspektivenwechsel, das „Erwachen“ von einer Wirklichkeit in einer anderen, das Lüften einer Fiktion. Die Erkenntnisse, die einen auf den Yogaweg erwarten, sind ähnlicher Natur. Allerdings hat diese Analogie auch ihre Grenzen: Obwohl der Yogaweg als unbeschreibbar beschwerlich gilt, führt der Endzustand nicht zu einer ähnlichen Situation wie die der "Befreiten" der Matrix. Moksha ist Satchidananda, Existenz-Wissen-Glückseligkeit. Die Extasen und Glücksmomente, die wir gelegentlich in unserem Leben erfahren, sind wie ein Fenster auf Moksha, das sich kurzzeitig geöffnet hat. Die Ereignisse oder Handlungen, die zu diesen Glückzuständen geführt haben, sind nur scheinbar deren Ursache.